Baldur's Gate 2: Schatten von Amn spielt sich im Jahre 1370 Talisischer Zeitrechnung (12 Jahre nach der Zeit der Unruhen) im südlichen Teil der Schwertküste ab. Genauer gesagt im Lande Amn.

Einige Monate nach Sarevoks Fall findet sich der Held bzw. die Heldin beinahe nackt im Gefängnis von Athkatla, der Hauptstadt von Amn wieder. Du weisst weder wie du dort hin gekommen bist, noch von wem du gefangen genommen wurdest. Glücklicherweise taucht schon bald Imoen, eine alte Bekannte von dir auf um dich zu befreien. Auf der Flucht triffst du auch Jaheira, Minsc und Boo wieder, die ebenfalls gefangen genommen worden sind. Ohne Ausrüstung machst du dich also auf, herauszufinden wer dich gefangen genommen hat und warum...

Im Laufe des Spiels wirst wirst du einem Feind gegenübertreten, der in dir nichts anderes als einen Sklaven sieht. Der, was immer du auch unternimmst, mit dir spielt. Einem Bösewicht, dessen Ziel weit über das Streben nach Macht hinausgeht und der damit droht, einen verlorenen Gefährten als ein Instrument der Zerstörung zu benutzen. Deine Entscheidungen werden dir nicht immer leicht fallen und du wirst dich mit bösen Kreaturen verbünden müssen. Am Ende deines Weges wirst du um verlorene Lieben trauern, neue gefunden haben und ein Abenteuer bestritten haben, welches das Gesicht der Welten nachhaltig prägen wird.